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臺灣史前遺址中的碳化稻米
明代《天工開物》中記載的稻作圖說
臺灣的野生稻-鬼稻
明清時期臺灣水稻品種-低腳烏尖
臺中州農事試驗場
灌溉圳道
草山(今 陽明山)竹子湖原種田事務所
蓬萊米之父-磯永吉
蓬萊米之母-末永仁
臺中65號植株
臺中65號穀粒
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在來稻的時代
在距今3000-5000年前的臺灣史前文化遺址中，目前已發現許多史前稻作的痕跡。
經鑑定分析後，考古學家發現這些史前稻種的來源頗為分歧，主要可能的傳入途徑有三：一是由中國東南地區傳入；二是由臺灣本土的野生稻-鬼稻，選拔馴化而來；其三則是由爪哇一帶傳入。然而除了土生土長的野生鬼稻，仍可零星在野地被發現外，這些曾經出現在史前文化中的稻種，都已經消失無蹤。
近代臺灣稻作文化的開展，則要由明清時期中國閩粵地區的移民，以及他們所引入的秈型稻，也就是「在來稻」開始說起。
十七世紀以降，大批中國東南沿海移民進入臺灣，也引入大量故鄉的秈稻(在來米)品種。約1752年前後，屏東潮州一帶培育出生育期短的品系，稱為「雙冬」。使得原本一年一作的稻米生產得以一年兩作，產能提高，臺灣因此成為福建泉、漳二府青黃不接的重要食米來源，號稱「閩粵穀倉」。稻作栽培日久，各地皆有不同的品種，但仍屬秈稻系統。
工業日本、農業臺灣
日本自明治維新之後，迅速邁入工業化社會，產業人口移動，農業人口大量移入都市充當勞工，使得農業力生產急速下降，糧食短缺問題嚴重。西元1895年，日人治臺，為配合日本之工業發展，「工業日本、農業臺灣」遂成為為其治臺之殖民經濟政策，特別是日俄戰爭（1904-1905）後，稻米的不足更形表面化。臺灣總督兒玉源太郎(任期 1898~1906)訓令殖民地臺灣的稻米生產應該納入日本糧食供需體制的一環，臺灣稻米的輸出不應再是對岸的中國大陸，而是轉向日本。臺灣的稻作因此也邁入有系統的科學化研究。
為達成支援母國的政策目標，臺灣總督府進行了多項農業建設與政策推行，包括興築嘉南大圳等大規模水利工程、於各地設有農事試驗場、糖業試驗場、蔗苗養成所、茶樹栽培試驗場、園藝試驗場等機構負責研究改良臺灣原有的農產品種與栽培技術，以及推行農會組織等。而日人在臺灣所扶植的農產業中最為重要的首推糖業與蓬萊米。
日本原為糖之輸入國，本土積極發展甜菜產業成效卻不佳，反觀臺灣則為蔗糖生產區域，因此據臺初期日本政府即大力扶植本國資本家前來臺灣發展製糖工業。然由於日本本土糧食不足的問題長期未獲有效紓解，日人對臺灣的稻米生產潛力仍然極為重視。
然而臺灣地區當時生產的稻米品種極為混雜，品質不佳，且秈稻的黏性較差，米質粗劣，食味及口感均難為日人接受，故於據臺翌年即引進少量日本型稻米(稉稻)品種於臺北試作。
在來稻改良事業
自1900年以降，總督府農事試驗場創設後，更先後引進日本種水稻1,256種，逐次進行栽培試驗，並選定日本種約752種進行試驗，選定標準為當時日本種中的代表「中村」及在來種「限定品種」236種進行試驗。及至1906年，臺灣在地品種(系)水稻的紅米去除已具成效，唯在日本種水稻的栽培上屢屢失敗，臺灣總督府內對稻作品種改良事業開始出現不同的主張，一派主張將臺灣在來稻性狀改良為接近日本稻，另一派則主張直接以日本稻為基礎進行改良。
初期殖民地臺灣的政策走向以在來稻改良事業為強勢重點，十年間在總督府轄下各試驗場所，從篩選限定品種、純系分離，進階至在來稻和日本稻的雜交育種，使得在來米的品質、產量都有顯著的提升。尤其因應兩期作的雜交育種，已育成「臺北101號」、「苗栗2號」、「臺中35號」等百餘個新品種，栽培面積甚廣；然而原先雜交育種的目標希望能選出米質較優，糙米之大小與形狀類似日本稻之優良品種，可惜這些新品種無一符合這個育種目標。
自從兒玉源太郎總督訓令，殖民地臺灣的稻米生產應該納入日本糧食供需體制的一環，來到了第八任總督的田健治郎(任期 1919~1923)。殖民地臺灣在來稻的改良縱有佳績，終究與宗主國內地居民食米特性的需求不合，兒玉總督的美夢仍遙不可及，強勢的殖民地臺灣在來稻的改良的策略已顯現搖擺，這使得日本稻的改良研究雖明令不予獎勵，卻已有了空間。
關鍵技術的突破
彼時，日本稻在臺灣無法突破的困境除了稻熱病危害之外，往往因緯度的關係，植株對臺灣的日長極度敏感，因而提早抽穗、出穗不整齊、株高變矮、分糵少、早熟，影響品質、產量至鉅。
此時，竹子湖大屯山高臺地被無意間發現，為臺灣日本稻的栽培與發展開啟新的契機。
1921年，時任臺北州農務主任的平澤龜一郎發現竹子湖盆地的氣候條件酷似日本九州，因此向總督府中央研究所農業部報告，並建議試種日本種水稻。當時種藝課長磯永吉因公赴歐，代理職務的鈴田巖技師同意試種。
早年由九州、福岡縣、鹿兒島縣引進的日本種品種經純系分離、適應性調查，保留下來以「中村」為代表的數十個品種，1922年起，開始在大屯山高臺地試種，耕作面積約414公頃，產量為7,295石，不但可以大量增產，且輸往日本的價格亦較在來米高。但是相同品種移到平地栽培即告失敗，第二期作則完全不可能。
此時日籍技師末永仁觀察發現，秧齡越老者於本田生育更不良，乃進行苗期試驗，試驗結果顯示：將一期作的秧期由60天改為30天，二期作的秧期由30天改為17天，則本田之生育正常，延後抽穗，提高產量且穩定，此即為末永仁1923年提出的「幼苗揷植法」。利用此法改良栽培「中村」種水稻，栽培面積立即擴大為2,403公頃，比前一年增加六倍，產量38,968石。而後栽培面積逐年迅速增加，並由北往南移。
磯永吉教授於1928年發表「臺湾稲の育種学的研究」一文，其研究成果不但直接導致當時之在來米產量提升，同時促成後來的蓬萊米育種獲得成功。 自此，日本稻在臺灣的栽培關鍵技術已然突破。
蓬萊米的誕生
1925年，第十任總督伊澤多喜男(任期1924~1926)斷然決定，廢止前令，進入日本稻獎勵時代，得到解令之後日本稻品種改良與試作推廣工作才導入正軌，日本稻栽培之基礎從此確立，「中村」種在這一年正式推廣。然而，於此同時，「中村」種亦遭受嚴重的稻熱病危害，1926年由「伊予仙石」純系分離選出的耐病性品種「嘉義晚二號」開始取代「中村」普及全臺。
也在這一年，在臺北鐵道飯店召開的日本米榖大會上，伊澤總督由磯永吉教授所建議的「新臺米」、「新高米」及「蓬萊米」三個名字中，欽點了「蓬萊米」作為在臺灣栽培改良的日本稻新品種的名稱，成為富有歷史意義之臺灣稻米專用名稱，也開啟了臺灣蓬萊米的新時代。
劃時代的品種-臺中65號
事實上，早在1922年，大規模的日本稻雜交育種已悄悄展開，雜交工作均在臺中州農事試驗場進行。其中最有名的就是末永仁在1924年所做「龜治」與「神力」的雜交，1929年選出「臺中65號」。臺中65號具高產、良質、抗稻熱病、適應性強、對日照鈍感、第一、二期作均適合栽培之優良特性，這一年立即發放一般農民種植，旋即取代「嘉義晚二號」在竹子湖原種田採種、推廣全臺，成為早期臺灣蓬萊稻栽培的主流。
1935年，臺中65號獲得臺灣稻米改良競賽第一名。1938年臺灣蓬萊米的產量已高達140餘萬公噸，創下日治時期的最高紀錄。而在往後的二十年間，臺灣蓬萊稻絕大部分的新育成品種，都帶有臺中65號的血緣，為臺灣稻育種工作揭開宏大的序幕。
